Star Trek: Deep Space Nine (abbreviato in DS9) è la terza serie televisiva ambientata nell'universo fantascientifico di Star Trek. Deep Space Nine è la prima ed unica serie di Star Trek ad essere ambientata non a bordo di un'astronave ma all'interno di una stazione spaziale.

La base Deep Space Nine è situata nell'orbita del pianeta Bajor, ai turbolenti confini tra lo spazio della Federazione dei Pianeti Uniti e quello dell'Unione Cardassiana. La stazione, costruita su progetto cardassiano (il suo nome originale cardassiano era Terok Nor), è stata ceduta al controllo della Federazione con un trattato a seguito della fine di una sanguinosa guerra e della brutale occupazione del vicino Bajor.

Il Grande Legame punisce Odo per l'omicidio anche se accidentale di un altro mutaforma: si unisce con lui e lo trasforma in un umano. Odo, legandosi con i Fondatori, scopre che Gowron, Klingon a capo dell'Impero, è un mutaforma impostore che cerca di tagliare i ponti fra la Federazione e l'Impero Klingon. Una squadra composta dal capitano Sisko, Worf, O'Brien e Odo nell'intento di smascherare Gowron, scopre che in realtà l'impostore è il braccio destro di Gowron, il Generale Martok. Una volta sconfitto il mutaforma gli equilibri fra Impero Klingon e Federazione cominciano a ristabilirsi. Tutto sembra andare per il meglio ma non è così: infatti Gul Dukat, a capo dell'Unione Cardassiana si unisce al Dominio, che comincia a far arrivare guarnigioni di navi nel Quadrante Alfa. Il dottor Bashir viene catturato dal Dominio e condivide la cella con il vero Generale Martok e con Enabriam Tein, un vecchio Cardassiano capo dell'Ordine Ossidiano, che si rivelerà essere il padre di Garak. I prigionieri, tranne Tein che muore in cella, vengono salvati da Worf e Garak. Alla fine della quinta stagione una flotta del Dominio comandata da Gul Dukat, Damar (secondo di Dukat) e Weyoun (portavoce dei Vorta e del Dominio) attacca e conquista Deep Space Nine, costringendo tutti tranne Kira, Odo, Quark e altri membri delle razze non federali, a fuggire dalla stazione. Questo evento dà inizio alla terribile Guerra del Dom