Trojan Remover est conçu pour enlever immédiatement tous les virus Trojan Horses, sans avoir à utiliser le mode DOS ou SAFE. La plupart des explorateurs de virus et de trojan sont bien capables de détecter les virus Trojan Horses mais ne sont pas toujours efficaces pour les enlever une fois qu'ils ont été détectés. Trojan Remover a été spécialement écrit pour effectuer une telle opération sans que l'utilisateur n'ait à éditer manuellement les fichiers du système, y compris la base de registre Windows.