Trojan Remover est conçu pour enlever immédiatement tous les virus Trojan Horses, sans avoir à utiliser le mode DOS ou SAFE. Trojan Remover effectue cette opération sans que l'utilisateur n'ait à éditer manuellement les fichiers du système, y compris la base de registre Windows. Le programme enlève également les modifications supplémentaires faites au système par certains virus Trojan, qui sont ignorés par la plupart des antivirus.