6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？21世纪人类开始开发宇宙。但是受到宇宙生物群（通称宇宙怪兽，STMC）：一种以恒星作载体繁殖的生物来袭，使人类文明受到重大威胁。为了对抗宇宙怪兽，人类持续开发机器人兵器和宇宙战舰，由地球上的机器人训练学校找出优胜的驾驶员控制。2015年，在人类史上第一次和宇宙怪兽接触后，故事的女主角高屋法子进入了机器人训练学校接受训练，驾驶对抗宇宙怪兽最强武器：Gunbuster，开始了她守护地球使命的故事。